معرفی و دانلود کتاب توالی‌ یابی (RNA (RNA-Seq و واکاوی داده‌های آن

معرفی کتاب توالی‌ یابی (RNA (RNA-Seq و واکاوی داده‌های آن

کتاب توالی‌ یابی (RNA (RNA-Seq و واکاوی داده‌های آن اثری کاملاً کاربردی است که در زمینه‌ی مطالعه‌ی ژن‌های موجودات گوناگون و تحلیل داده‌ها شما راهنمایی می‌کند و اطلاعات سودمندی ارائه می‌دهد.

توالی یابی RNA روشی جدیدی به منظور مطالعه بیان ژن در موجودات مختلف محسوب می‌شود که توانایی بررسی بیان کل ژنوم یک موجود را در یک زمان فراهم می‌­سازد. یکی از مشکلات این روش واکاوی داده­‌های آن است که بسیار زمان­بر است و به مهارت بالای پژوهشگر نیاز دارد. کتاب «توالی یابی RNA و واکاوی داده ­های آن» کتابی مفید است که به زبان بسیار ساده و با کمک شکل‌­های با کیفیت، نحوه‌ی واکاوی داده‌های توالی یابی RNA را آموزش می‌­دهد. در فصل اول به تعریف اصطلاحات مهم در این خصوص پرداخته شده است و در فصول بعدی نحوه‌­ی واکاوی داده­‌ها و یافتن مسیرهای درگیر در بیان ژن­‌ها عنوان گشته است. از جمله­ کنترل کیفیت، مکان‌یابی و اسمبل کردن تا بررسی‌­های آماری پوشش داده شده است. هدف این بوده است که اطلاعات در این زمینه به صورت جامع و کاربردی بیان گردد و تلاش شده است مهارت کاربر و یا پژوهشگر را در این راستا بالا ببرد. با این اطلاعات محققین می‌­توانند تفاوت بیان ژن‌­های مورد نظر را بررسی کنند. گروه هدف این کتاب که اولین کتاب تالیفی در این راستا است، دانشجویان و محققین حوزه علوم زیستی در مقطع تحصیلات تکمیلی هستند.

در بخشی از کتاب توالی‌ یابی (RNA (RNA-Seq و واکاوی داده‌های آن می‌خوانیم:

تمامی مولکول‌های RNA در باکتری‌ها و یوکاریوت‌ها بعد از سنتز تا حدودی دستخوش تغییراتی می‌شوند. در طی این فرآیند ساختمانی بعضی از آنزیم‌ها به جای پروتئین از ساختمان RNA هستند. در واقع مولکولی که تازه ساخته می‌شود را ترانوشت اولیه می‌گویند. در مورد یک RNA پیک یوکاریوتی ترانوشت اولیه به طور شاخصی مکمل توالی‌های یک ژن می‌باشد که ممکن است توالی‌های کدکننده‌ی پلی پپتید در مجاورت یکدیگر قرار نداشته باشند. قطعات غیر کدکننده‌ای که ناحیه کدکننده ترانوشت را می‌شکنند را اینترون و قطعات کد کننده را اگزون گویند.

در فرآیندی به نام پیرایش اینترون‌ها از رونوشت اولیه حذف می‌شوند و اگزون‌ها به هم وصل می‌شوند و همچنین در دو انتهای RNA یک اعمالی انجام می‌گیرند که یک رشته‌ی تغییر یافته به نام کلاهک 5 به انتهای 5 اضافه می‌شود و انتهای 3 شکسته می‌شود و 25-8 آدنیلات به آن اضافه می‌شود.

فهرست مطالب کتاب

تقدیر و تشکر
پیش گفتار
مقدمه
RNA
ساخت RNA
پردازش RNA    
توالی یابی با روش سنگر
تعیین توالی نسل جدید
بررسی ترانوشت‌ها
توالی یابی RNA
استخراج RNA
کنترل کیفیت RNA استخراج شده
آماده سازی کتابخانه    
اصطلاحات رایج در رابطه با روش توالی یابی RNA    
فرمت داده‌ها
تعیین توالی از نو    
تعیین توالی دو جهتی و یک جهتی 
خوانش    
(Flow cell (Chip, Slid
ردیف    
عمق خوانش تعیین توالی
پیرایش جایگزین
نرمال کردن داده‌ها    
عمق توالی یابی    
طول اگزون    
Fragments per Kilobase of exon model per Million reads mapped (FPKM)    
Reads per Kilobase per Million mapped reads (RPKM)    
(TPM) Transcript Per Million    
ژنوم مرجع    
پایگاه داده‌های مرتبط با تکنیک تعیین توالی نسل جدید    
انواع پلتفرم    
تعیین توالی با تکنولوژی 454    
تعیین توالی در تکنولوژی Illumina/Solexa 
تعیین توالی با ABI/SOLiD    
تعیین توالی با Ion Torrent    
نسل سوم توالی‌ یابیTo top    
تعیین توالی با PacBio    
فناوری نانوپور    
اساس انتخاب پلتفرم    
صحت توالی یابی    
میزان خوانش    
طول خوانش    
یک یا دو جهتی بودن توالی    
مقدار نمونه    
واکاوی داده‌های توالی یابی RNA    
نرم‌افزار واکاوی داده‌های توالی یابی RNA    
نرم افزار CLC Genomics Workbench    
واکاوی داده‌های توالی یابی RNA  با نرم‌افزار CLC Genomics Workbench    
معرفی صفحه‌ی اصلی
نحوه‌ی وارد نمودن (Import) داده‌ها    
بررسی کیفیت داده‌ها (QC)
بررسی گزارش گرافیکی QC    
سایر گزارشهای کیفی  (Supplementary QC report)    
ویرایش توالی‌ها (Trimming)    
ژنوم مرجع (Reference genome )    
نقشه‌یابی ژن‌ها (Mapping)
دسته بندی داده‌ها (Set up Experiment)    
واکاوی آماری (Statistical Analysis)    
خروجی داده‌های واکاوی آماری    
بررسی بیان ژن‌ها با استفاده از اطلاعات فایل اکسل خروجی نرم‌افزار CLC    
فیلتر کردن اطلاعات اکسل خروجی CLC    
STRING    
Blast2GO    
منابع